Né en 1962, Jan Freiheit est le fils d’une chanteuse et d’un compositeur. Pendant son enfance et son adolescence, il fréquente la „Georg-Friedrich-Händel-Oberschule“ de Berlin. Il commence l’étude du violoncelle à l’âge de douze ans, et un an plus tard, il se produit avec l’orchestre symphonique de l’école. Le nom de l’établissement scolaire deviendra sans doute le fil conducteur de sa carrière musicale, puisqu’il s’intéresse à la musique de Handel plus que celle d’autres compositeurs. L’étude du répertoire baroque étant difficile au sein de l’orchestre de jeunes musiciens auquel il appartient, Jan Freiheit décide de fonder et de diriger son propre orchestre à l’école, qui se concentre surtout sur les concerti grossi de Corelli, Vivaldi et Handel.
Après ses études secondaires, il se consacre au violoncelle à la Hochschule für Musik «Hanns Eisler» de Berlin de 1983 à 1988. Pendant ses études, son grand intérêt pour la musique de l’époque baroque le conduit à la pratique d’exécution historique. De 1989 à 1992, il étudie la viole de gambe avec Siegfried Pank à la Hochschule für Musik und Theater «Felix Mendelssohn-Bartholdy» de Leipzig, et un peu plus tard, il suit des cours de maître sous la direction de Wieland Kuijken. En 1986, il fonde le Berliner Barock-Compagney, un ensemble de musique de chambre consacré à l’interprétation de la musique de la période datant de 1650 à 1750 ainsi que de la musique de l’époque classique.
Depuis 1992, il est membre de l’Akademie für Alte Musik Berlin à titre de violoncelliste et de gambiste solo. Il a donné des concerts avec Akamus et d’autres ensembles en Amérique du Nord et du Sud, en Australie, Chine, au Japon et dans presque toute l’Europe. Il a participé à de nombreuses productions radios et à plusieurs enregistrements.
Il est chargé de cours à l’Universität der Künste Berlin, où il enseigne le violoncelle baroque et la pratique de la basse continue. A l’automne 2013, on le nomme professeur de violoncelle baroque et d’instruments anciens (de la famille du basse de violon) à la Hochschule für Musik und Theater Leipzig.